A fokhagyma egy szál alakú sekély gyökérrendszer, fő gyökér nélkül. A fő gyökércsoport a talajrétegben 5-25 cm-en belül oszlik el, vízszintes átmérője 30 cm. A növény morfológiáját tekintve maga a hagyma metamorf ágakból fejlődik ki, csomópontjai pedig"bulb discs"-ra rövidülnek. A szárkorongok alapja és széle olyan gyökerekkel gyökerezik, amelyeken a levelek és a rügyek primitívek. A virágrügyek differenciálódása után a csúcsrügyek virágszárakat képeznek, az oldalrügyek pedig kitágulva fokhagymagerezdeket alkotnak. A fokhagyma szaporodási módja az ivartalan szaporodás, a szaporodási szerv pedig az anya testén lévő oldalrügy', azaz pikkelyrügy. Egy kifejlett fokhagyma növény gyökerekből, pszeudotörzsekből, levelekből, szárakból, hagymákból stb.
A fokhagyma levelei közé tartozik a levéltest és a levélhüvely. A levélhüvely csöves, körkörösen nő a szárkorongon. A többrétegű levélhüvelyek átölelik egymást, és pszeudosztémát alkotnak, amelynek feladata a mechanikai támogatás és a tápanyagok eljuttatása a hagymához.
A fokhagyma szára két részből áll: a virágtengelyből és az involucreból. Az involuciban virágok és léghagymák találhatók, de a legtöbb fajta csak virágzik és nem virágzik, vagy bár virágozhat, a virágszervek fejlődése nem teljesen fejlett, és nem tudnak magot képezni. Az általános fajták több vagy tucatnyi légi hagymát alkothatnak az involucre-ben. A léghagymákat fokhagymanövények szaporításához használhatjuk. Akkoriban az egyfejű fokhagymát általában az egyfejű fokhagyma mezőgazdasági termelésére használták és használták. Az egyfejű fokhagyma elvetésével egyenletesen osztódó, nagy méretű, jó tápértékű hagymát kaphatunk. Az ivaros szaporodási módszerrel végzett fokhagymatermelés eltávolíthatja a hosszú távú fokhagymatermelés során felhalmozódott méreganyagokat, és javíthatja a fokhagyma magminőségét is. A fokhagymamagok vitalitása megvalósíthatja a fokhagymamagok megfiatalítását, termésnövelést és minőségjavítást.
A fokhagyma hagymás bimbóit fokhagymagerezdnek is nevezik, amely a botanikában a megrövidült szárkorongok oldalsó rügyei, a fokhagyma vegetatív tároló- és szaporodási szervei. A pikkelyrügy két réteg pikkelyből és egy fiatal bimbóból áll. A pikkelyrügyek rövidre zsugorodott száron nőnek. A nagyszirmú fajták többnyire az 1-2 levél hónaljában koncentrálódnak a fokhagyma szárai közelében. Általában 2-3 pikkelyrügy fordul elő minden levél hónaljában. A középső a főrügy, a két oldala pedig a segédrügy. A kiegészítő rügyek megnagyobbíthatók, hogy termék orgonahagymákat képezzenek; kisszirmú fajták főleg 1-4 levélhónaljban alkotnak pikkelyrügyet, minden levélhónaljban 3-5 pikkelyrügy képződik. A kialakult fokhagymagerezdek száma nagy, az egyed kicsi, a külső pikkelyrügyek nagyobbak, mint a belső pikkelyrügyek.
A szárlapon elhelyezett fokhagymagerezdek körszáma szerint két típusra osztható: egyfajta fokhagymagerezd a szárlapon lépcsőzetesen elhelyezve, általában 4-15 gerezd fokhagyma, ez a fajta fokhagyma többnyire nagy fajta, például lila Skin fokhagyma; a másik a szárlemezen két vagy több körben elhelyezett fokhagymagerezd, általában 20-35 gerezd, többnyire kis gerezd, például kutyafog-fokhagyma.
